钼酸铵主要用于冶炼钼铁和制取三氧化钼、金属钼粉；作为钨钼合金、钼丝的原料；用于磷矿的地质勘查；用于作化工的催化剂；少量用作农用钼肥；极少量用于医药；为多种酶的组成部分，钼的缺乏会导致龋齿、肾结石、克山病、大骨节病、食道癌等疾病。